▌数据库概览
FerrDB数据库（http://www.zhounan.org/ferrdb）于2020年1月份发布，目前更新至2021年2.0版本，数据库发布时整合Pubmed中784篇铁死亡相关研究文献数据，提供253个铁死亡调节因子、111个铁死亡标志基因和95个铁死亡相关疾病信息，其中铁死亡调节因子包含108个铁死亡驱动基因和69个铁死亡抑制基因，以及35个铁死亡诱导剂和41个铁死亡抑制剂，截止当前版本上述数据仍在不断更新。FerrDB数据库界面友好，每6个月更新一次，为研究人员深入了解铁死亡及铁死亡调控相关基因、药物和铁死亡标志物及相关疾病信息提供极大方便。
FerrDB数据库将上述铁死亡相关调节因子、标志物和疾病相关注释信息分为4个证据级别：Validated，基于实验验证结果；Screened，基于高通量数据筛选结果；Predicted，缺乏严格实验设计验证的文献报道结果；Deduced，基于文献报道合理推测结果。
菜单栏Help部分为数据库介绍及使用指南，大家可以随时查阅。
▌数据库核心功能及操作演示
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Browse模块
Browse模块提供铁死亡调控相关基因、药物和铁死亡标志基因及相关疾病信息的查阅功能，菜单栏或主页下方点击目标分子类型进入子模块。
以Driver为例，表格展示186个铁死亡驱动基因Gene symbol、基因名、HGNC ID及评分信息。以ACSL4为例，点击后查看详情。
结果Description部分是ACSL4基因基本信息。Study/Experiment部分展示ACSL4调节铁死亡具体机制的文献信息，提供证据来源、物种、调控关系、证据级别和PMID等。点击View查看上、下游调控关系。Targeting drug部分提供靶向该基因的药物。
Suppressor部分的铁死亡抑制基因信息与Driver部分类似，以GPX4为例，GPX4抑制脂类活性氧进而抑制铁死亡。
接下来是Marker子模块，提供113个铁死亡标志基因信息，基本内容同前，不再赘述。
然后Inducer和Inhibitor子模块，分别提供铁死亡表型的159个诱导剂和120个抑制剂信息，提供PubChem CID和参考文献。
最后，Disease部分展示铁死亡相关疾病信息，提供参考文献PMID。
2
Utilities模块
Utilities模块提供铁死亡调节因子的调控网络、功能富集等分析。以Regulation network为例，选择Driver或Suppressor，绘制调控网络；左上方可选择感兴趣基因；点击图中某基因可展示包含该基因在内的调控子网络。
Enrichment analysis部分，加载示例数据，Identifier type选择基因名类型，Enrichment category选择富集分析方法，点击Analyze，结果展示目标基因列表与铁死亡诱导基因、抑制基因及标志基因的富集情况，表格提供富集分析显著性结果。
Multirole regulator部分展示基因多功能调节情况，以ATF4为例，图中展示该基因即是铁死亡驱动基因，也是铁死亡抑制基因和Marker基因。返回主页，检索ATF4，进一步查看该信息。
3
Download与Submit模块
Download部分提供铁死亡调节因子、标志基因及相关疾病信息下载。Submit部分用于上传个人铁死亡相关研究数据。
▌文献案例
截止目前，FerrDB数据库引用93次。以下提供三篇经典文献供大家学习。
总结
FerrDB数据库界面友好，每6个月更新一次，为研究人员深入了解铁死亡及铁死亡调控相关基因、药物和铁死亡标志物及相关疾病提供极大方便。
以上就是FerrDB数据库全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！
文章来源：挑圈联盟
